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JavaScriptからAppletを呼び出すときは、codebaseを使えない。
→http://www.atmarkit.co.jp/bbs/phpBB/viewtopic.php?topic=28219&forum=12
→http://bugs.sun.com/bugdatabase/view_bug.do?bug_id=5018024

最近のUPDATEの内容コード署名をつけろと。
→http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/tech/java-code-signing-1915323.html
→http://orablogs-jp.blogspot.jp/2013/03/java-applet-web-start-code-signing.html

Javaコンソール
http://docs.oracle.com/javase/7/docs/technotes/guides/jweb/jcp.html

java.policyの場所はここっぽい。
C:\Users\<ユーザ名>\AppData\LocalLow\Sun\Java\Deployment\security\java.policy

grant codeBase "http://aaa.com/" { 

	permission java.security.AllPermission;

};
grant codeBase "http://aaa.com" { 

	permission java.security.AllPermission;

};